El manejo de la función intestinal puede ser uno de los desafíos más grandes e importantes para las personas con espina bífida.

Debido a la espina bífida, el cuerpo no puede controlar las evacuaciones intestinales, lo que se conoce como intestino neurogénico. Las lesiones de espina bífida ubicadas en un nivel alto causan dificultades para vaciar el intestino, lo cual produce estreñimiento o compactación de las heces fecales. Las lesiones ubicadas en un nivel bajo causan dificultades para contener las heces, lo cual produce incontinencia.

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